食物アレルギーの児に対して不適切な食物除去を行うと栄養素の摂取量が低下し体重増加不良などの栄養障害を引き起こすことがあります。例えば全魚類の除去を行うと、ビタミンDの不足によりくる病をきたすことがあります。また、牛乳の完全除去を行うと、カルシウムの摂取不足による低身長をきたすことがあります。魚アレルギーの児はビタミンDの不足を防ぐために、きのこ類や卵黄などで補うことが多いです、牛乳アレルギーの児はカルシウムの不足を防ぐために牛乳アレルゲン除去ミルクや小魚や小松菜などによりカルシウムを補うことが多いです。