食物経口負荷試験は主に食物アレルギーの確定診断や耐性獲得（摂取可能になっているかどおか）の判断のために行います。食物アレルギーの確定診断とは、原因と考えられる食品が未摂食であったり検査結果が陽性であるだけで除去している場合。その児に本当に食物アレルギーがあるかどおか診断するために行われることがあります。
耐性獲得の判断 確定診断されたあと、小児では時間経過で自然に耐性を獲得することがほとんどです。食物経口負荷試験を行い誘発症状の有無で耐性を獲得したかを確認します。
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